農地及其坐落土地之課稅
A、農業用地：符合農發條例興建之農舍，其所坐落之土地為農業用地。
田賦或地價稅：作農業使用之農業用地，移轉自然人德申請不課徵土增稅。移轉給法人，應課徵土增稅。惟農舍若經增改建，於移轉時無法取得農用證明時，則需繳納土增稅。若合於規定可申請按自用住宅稅率課徵。
房地合一稅：符合不課徵土增稅之農業用地，免徵房地交易所得稅。符合農業用的贈與民法第1138繼承人，免徵贈與稅。
遺產稅：作農業使用之農業用地繼承，免徵遺產稅。
B、農舍：
房屋稅：課徵。飼養禽畜、存放農具之房舍、資材室等免徵。
契稅：課徵。
房地合一稅：依農發條例申請興建之農舍，出售時按舊制。
贈與稅：課徵。
遺產稅：課徵。
在前述的第一部份有提到，農業資材室雖屬於農業設施，但並未像農舍規定在所得稅法第四條之五第一項第三款不課徵所得稅。因財政部乃發布解釋令「台財稅 字第 10704534300 」，將「農業設施」比照「農舍」ㄧ併排除適用房地合一新制。(也就是說不管是農舍或農業設施都沒有房地合一稅。)所以，農地及農舍或農業設施在出售時，如因建築物違規無法取得農用證明，除了土地增值稅要計算外，土地部份要核課計算房地合一稅，而建物(農舍或農業設施)不用，所以必須將土地及建物的價格分算出來計算稅額。
一、有興建農舍之農地，因無法取得農用證明之報繳房地合一稅，因農地及農舍必須合一移轉，所以在分算時，不論契約是否有載明分別價格，依以往國稅局對建物與地之拆算方式，解下列方式為主：(農地公告土地總現值)/(農舍評定價格+農地公告土地現值總額)×實際買賣之價格(出售總價)=農地的申報價格
二、而農地在申報房地合一所得稅成本時(買進)，仍須拆算農地部分價額，拆算方法有2種：
1. 如果是買進農地，然後興建，因農地已單獨申報實價，即依農地原始購入價額為成本。
2. 如果是買進興建農舍之農地，則依上述算式，乘與購入價額，算出農地成本價額：(農地購入公告土地總現值) /(農舍買時評定現值+農地買時公告土地總現值)×實際購入價(賣價)=土地購入成本
舉例
某甲在107年1月買了一塊農地公告現值1000/m²，面積1000 m²，買入價為1000萬，後來某甲在上面蓋了一棟資材室，也請了水電，又花了一些錢將其資材室裝修成一棟舒適的鄉村民居。而後某甲想將其出售，成交價1500萬。資材室的房屋評定現值為20萬元，如此某甲應繳多少稅額？
解析：
農地買入成本是1000萬
農地公告土地總現值=1000×1000=100萬
資材室評定價格=20萬
出售總價之價格 =1500萬
土地增值稅是0元(同年度買賣)
故房地合一稅土地出售價是：100萬/(100萬+20萬)*1500萬=1250萬
算式：
土地出售價1250萬-買入成本1000萬-資材室評定價20萬-(1500萬×0.05賣出之扣抵成本)=155萬。(稅基)
155萬×45%(持有一年內之稅率)=69.75萬
本件案移轉稅賦：土地增值稅0元、房地合一稅69.75萬元
相關法令
農業發展條例第 37 條
作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。
所得稅法第四條之四（中華民國105年1月1日起房屋、土地，交易所得按新制課徵所得稅之情形）
個人及營利事業自中華民國一百零五年一月一日起交易房屋、房屋及其坐落基地或依法得核發建造執照之土地（以下合稱房屋、土地），符合下列情形之一者，其交易所得應依第十四條之四至第十四條之八及第二十四條之五規定課徵所得稅：
交易之房屋、土地係於一百零三年一月一日之次日以後取得，且 持有期間在二年以內。
二、交易之房屋、土地係於一百零五年一月一日以後取得。 個人於中華民國一百零五年一月一日以後取得以設定地上權方式之房 屋使用權，其交易視同前項之房屋交易。
第一項規定之土地，不適用第四條第一項第十六款規定；同項所定房屋之範圍，不包括依農業發展條例申請興建之農舍。
所得稅法第四條之五（依第四條之四交易之房屋、土地，免納所得稅之情形）
前條交易之房屋、土地有下列情形之一者，免納所得稅。但符合第一 款規定者，其免稅所得額，以按第十四條之四第三項規定計算之餘額不超 過四百萬元為限：
個人與其配偶及未成年子女符合下列各目規定之自住房屋、土地 ：
(一)個人或其配偶、未成年子女辦竣戶籍登記、持有並居住於該房屋 連續滿六年。
(二)交易前六年內，無出租、供營業或執行業務使用。
(三)個人與其配偶及未成年子女於交易前六年內未曾適用本款規定。
二、符合農業發展條例第三十七條及第三十八條之一規定得申請不課 徵土地增值稅之土地。
三、被徵收或被徵收前先行協議價購之土地及其土地改良物。
四、尚未被徵收前移轉依都市計畫法指定之公共設施保留地。 前項第二款至第四款規定之土地、土地改良物，不適用第十四條之五 規定；其有交易損失者，不適用第十四條之四第二項損失減除及第二十四 條之五第一項後段自營利事業所得額中減除之規定。
※財政部核釋個人出售「農業設施」之交易所得課徵所得稅規定：
台財稅 字第 10704534300 ，依農業發展條例申請興建之「農業設施」非屬房地合一新制適用範圍，個人交易農業設施之所得，應依所得稅法第十四條第一項第七類規定(下稱舊制規定)課徵所得稅。
財政部說明，房地合一新制之立法目的，係為解決房屋及土地分開課稅之缺失，健全不動產市場發展，改以房屋、土地交易所得合一按實價課徵所得稅，並配合農業政策，於所得稅法第四條之四第三項後段明定，將「農舍」排除於房地合一新制適用範圍，使其維持適用舊制，即依所得稅法第十四條第一項第七類財產交易所得規定，併入個人綜合所得總額課稅。
「農業設施」係依農業發展條例第八條之一規定，於農業用地上興建有固定基礎之設施，與「農舍」同為與農業經營密不可分，衡酌上述所得稅法第4條之4第3項後段將「農舍」排除新制適用範圍之立法意旨，且為避免農業設施及農舍同為農業使用之目的，卻適用不同課稅規定之不合理情形，該部乃發布解釋令，將「農業設施」比照「農舍」一併排除適用房地合一新制，核釋個人交易農業設施之所得，應依舊制規定課徵所得稅。
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